بررسی تاریخچه مسجد جامع کبیر یزد و معرفی آن در طی دوره های متنوع تاریخی هدف این تحقیق است. بنای فعلی مسجد بر جایگاه مجموعه مساجدی استقرار یافته که بنا بر دلایل مختلف طی قرون متمادی به هدف گسترش فضای مسجد جامع شهر، در کنار یکدیگر شکل گرفته اند. نوشتار حاضر به طور خاص به مبهم ترین بخش تاریخچه مسجد تحت عنوان بناهای اولیه مسجد جامع کبیر یزد می پردازد. ابهامات موجود در تحقیق انجام گرفته معطوف به تعدد بناها و تاریخ بنیاد هریک از آن هاست و برای دست یافتن به این مهم دستیابی به شجره نامه خاندان امرای کاکویی یزد عنوان پیش نیاز اولیه به شمار می رفت که بالمال این اقدام پیچیده ترین و مبهم ترین بخش این تحقیق را تشکیل می دهد. نکته حائز اهمیت در رفع این ابهامات تاریخی مجموعه موصوف در این مساله بود که همواره نقش بناهای اولیه مسجد که در طی قرون اولیه اسلامی تا قرن هشتم ه. ق. در این مکان احداث شده اند تاریخچه مسجد منعکس است. به این معنی که هر اتفاق جدید در مسجد بر پیکره مجموعه بناها تاثیر ویژه خود را به جا گذارده و همواره نقش خود را در تداوم حیات بنا ایفا کرده اند.